Die RNA-Interferenz mit kurzen doppelsträngigen RNA-Oligonukleotiden (siRNA) ist die derzeit einfachste, wirkungsvollste und gleichzeitig technologisch eleganteste Methode die Expression eines definierten, also wenigstens in Bruchteilen seiner Sequenz bekannten Gens zu blockieren. Im Gegensatz zu herkömmlichen Antisense-Techniken ist die RNA-Interferenz (fast) unabhängig von der Sequenz-Lokalisation der eingesetzten Probe. Sie ist effizient und kennt auch keine Schwierigkeiten bei der Transfektion vergleichbar denen der konventionellen Antisense-Technologien. Knock down Experimente bestimmen die Funktion der Targets - rasch, automatisiert, zuverlässig.

Am Max-Planck-Institut für Infektionsbiologie wurde eine automatisierte RNA-Interferenz Plattform entwickelt. Diese beinhaltet automatisiertes Aussähen von Zellen, automatisierte Transfektion im 96-Well Maßstab und Validierung der RNA-Interferenz durch RNA-Isolation mit anschließender real time-PCR. Neben der RNAi-Validierung durch real time-PCR kann der Gen-Knockdown per Westernblot oder Immunfluoreszenz nachgewiesen werden.

Somit bildet die RNAi-Technologie die Basis für ein hoch-effizientes high throughput-Validerungssystem zur Funktionsbestimmung identifizierter Targets zu sehr kostengünstigen Konditionen.